28 czerwca 1998 roku drużyna awansowała do II ligi w sezonie 1998/1999, jednak klub w fatalnym stylu spadł z zaplecza ekstraklasy zajmując przedostatnie 15.miejsce (Okocimski KS Brzesko wycofał się z rozgrywek)
20 września 2006 roku drużyna pokonała Legię Warszawa w 1/16 finału Pucharu Polski edycji 2006/2007. Sanoczanie wygrali 2:1, eliminując Legię z PP i awansując do 1/8 finału PP. W tej rundzie jednak ulegli Arce Gdynia 0:1. Bramka padła na minutę przed końcem dogrywki. W sezonie 2008/09 Stal zdobyła Puchar Polski na szczeblu regionalnym. Stal Sanok pokonala wówczas Resovię Rzeszów. W rundzie wstępnej pokonali Unię Tarnów 3:1. Hat-trickiem popisał się Fabian Pańko. Kolejny mecz przyszło Stalowcom zagrać z Podbeskidziem Bielsko-Biała. W regulaminowych 90-ciu minutach było 2:2(2:0). Żeby rozstrzygnąć mecz trzeba było rozegrać dogrywkę. Ta z kolei nie przyniosła zwycięzcy. O wszystkim miały zadecydować rzuty karne. W nich to Sanoczanie okazali się lepsi strzelając 5 bramek tracąc 3. W 1/16 Remes Pucharu Polski do Sanoka zawitał Widzew Łódź. Stalowcy nie przestraszyli się utytułowanego rywala. W 43 min Marcin Borowczyk huknął z 25m i pięknym lobem pokonał bramkarza gości. Do końca spotkania Stal nie oddała prowadzenia. Przez całe spotkanie Widzewiacy nie oddali żadnego strzału, który mógłby poważnie zagrozić bramce strzeżonej przez Roberta Bilskiego. Po końcowym gwizdku sędziego trybuny w Sanoku oszalały z radości.
